История Братства во имя святителя Иннокентия Иркутского началась на рубеже XIX—XX веков. Идея его создания возникла в 1900 году, а уже в конце 1901 года в Иркутске утвердили устав и провели первое заседание членов Братства.

До революции основу деятельности организации составляли благотворительность, милосердие и просвещение народа. В 2005 году в регионе торжественно отметили 200-летие обретения мощей святителя Иннокентия Иркутского. Накануне этого события в Иркутске было возрождено Братство в честь иркутского первосвятителя.

В 2012 году организация была зарегистрирована в качестве общественной. Её бессменный руководитель — антиквар, меценат и общественный деятель Сергей Снарский. Ключевые решения принимаются Общим собранием, а контроль за их исполнением осуществляет Правление.

Сегодня приоритетные направления работы Братства — культура, наука, просвещение, а также социальная и гуманитарная помощь жителям Иркутской области.